یکی از مسائل مطرح بین اندیشمندان مسلمان و خاورشناسان، هماهنگی قرآن و علم است. برخی از مخالفان قرآن معتقدند آیات قرآن کریم با مسائل علمی در تعارض است. این نوشتار با عنوان; هماهنگی قرآن و علم (حوزه نظری) با توجه به شبهات نوپدید; و به روش کتابخانه ای سامان یافته است. این پژوهش پس از آن که در فصل اول به تعریف واژگانِ بحث و برخی مفاهیم کلی در این موضوع اشاره می کند، در فصل دوم خود، در صدد است دریابد که آیا در قرآن کریم گزاره‌های علمی وجود دارند یا خیر و در صورت وجود گزاره‌های علمی در قرآن، آیا این گزاره‌ها با گزاره‌های علمی کشف شده توسط بشر هماهنگی دارند یا خیر. نسبت قرآن و علم در دو حوزه قابل بررسی است: قلمرو و رابطه. قرآن کریم نه آنگونه است که تمامش علوم تجربی باشد و نه آنگونه است که خالی از علوم تجربی باشد. بنابراین معتقدیم که قلمرو قرآن و علم، عموم خصوص من وجه است. دانشمندان علوم تجربی هماهنگی آیات علمی قرآن را (که علمی بودن آنها کشف شده) با گزاره‌های علوم تجربی قطعی تایید کرده‌اند. همچنین باید گفت از آنجایی که نازل کننده آیات قرآن، آفریننده موجودات طبیعت و قوانین آن بوده است، قطعا اطلاعات و دانش کامل نسبت به آن قوانین داشته و گزاره‌های علمی آیات قرآن مطابق با همان قوانین طبیعت و علوم تجربی راستین بوده است. در فصل سوم برای اثبات قابل پاسخ بودن شبهات قرآنی، برخی شبهات نظری و مصداقی قرآن و علم به عنوان نمونه مطرح و پاسخ‌هایی جمالی برای آنها ارائه شده است. برخی از مهمترین این شبهات عبارتند از: سقف بودن آسمان، ستون‌های آسمان، حرکت خورشید به سوی محل استقرار، پهن بودن زمین، دود بودن شکل آسمان در آغاز پیدایش، جلوگیری کوه‌ها از لرزش زمین، زوج بودن تمام اشیاء و پیش بینی پیروزی روم بر ایران.