یکی از مسائل مهم در علوم قرآنی که همواره مورد بحث و بررسی قرار گرفته است، مسئله ناسخ و منسوخ است. این پژوهش با عنوان «بررسی نسخ آیات قرآن با محوریت شبهات کتاب نقد قرآن دکتر سها» به بررسی و نقد برخی از شبهات، پیرامون نسخ در قرآن کریم که در کتاب نقد قرآن بیان شده، می‌پردازد. در کتاب مذکور نویسنده با پیش‌فرض‌های نادرست و تفاسیر اشتباه از آیات قرآن، نگاهی مغرضانه به قرآن داشته است. دکتر سها در مبحث نسخ، با ذکر آیاتی از قرآن به عنوان آیات ناسخ و منسوخ وقوع نسخ در قرآن را به اثبات رسانده و از تناقض میان نسخ احکام و تغییر‌ناپذیری کلام خداوند، بشری بودن قرآن را نتیجه می‌گیرد. هدف اصلی در این پژوهش، رفع برخی از شبهات کتاب نقد قرآن دکتر سها پیرامون مبحث نسخ در قرآن و در نهایت اثبات وحیانی بودن قرآن کریم است. روش پژوهش حاضر، توصیفی-تحلیلی و روش گردآوری اطلاعات به صورت کتابخانه‌ای مکتوب و مجازی است. شبهات مورد بررسی در این پژوهش، شامل نسخ آزادی عقیده، نسخ آیه نجوا و نسخ لزوم عدالت کامل بین همسران است. نتیجه حاصل از این پژوهش بیانگر آن است که حکمی که در قرآن کریم مورد نسخ واقع می شود، به ظاهر همیشگی به نظر می‌آید، اما در واقع از ابتدا نزد خداوند حکیم، مدت آن محدود بوده و بنا بر مصلحتی بر مردم آشکار نشده است؛ که با صدور حکم ناسخ بر همگان آشکار می‌گردد. همچنین به اجماع علما، تنها آیه‌ای از قرآن کریم که نسخ در آن صورت پذیرفته، آیه 12 سوره مجادله معروف به آیه نجوا است. بنابراین تعریف نویسنده از نسخ، نادرست بوده و بعضی از آیاتی که وی بر اساس تضاد ظاهری میان آنها به وقوع نسخ حکم داده است، در دایره اصطلاح نسخ قرآنی قرار نمی‌گیرند و با ارائه تفسیر صحیح از آیات، شبهات برطرف می‌گردد.