شبهات قرآنی از این جهت که باعث تضعیف اعتقادات مسلمانان می شود بایستی به صورت تخصصی پاسخ داده شود . در عصر حاضر شبهات زیادی مطرح شده است که از جهت جامعیت و گسترده مخاطب می توان کتاب نقد قرآن نوشته دکتر سها را پیشگام و مشت نمونه خروار دانست. لذا پاسخ دقیق و اصولی به شبهات ایشان می تواند راه را بر دیگر شبهه کنندگان ببندد. در این بستر شبهات مربوط به علوم طبیعی بیشترین حوزه نفوذ خود را در بین نخبگان جستجو می کند. در این نوشته به دنبال پاسخ به شبهات مربوط به علوم طبیعی در کتاب نقد قرآن بوده ایم. ما با تبیین مبانی و اصول حاکم بر پاسخ و بررسی زمینه های شبهات و تحلیل پیش فرض های شبهه کننده به دنبال ریشه کنی آن بوده ایم و تنها به زدن شاخ و برگ های آن اکتفا نکرده ایم. با توجه به وحیانی بودن قرآن کریم بی تردید هیچ تعارضی بین آیات آن و علوم طبیعی مانند پزشکی، نجوم، زیست شناسی و زمین شناسی و غیره وجود ندارد و خطایی در اشارات علمی قرآن کریم نیست. در این نوشته جهت سهولت در رسیدن به پاسخ، شبهات عام از شبهات خاص هر علم تفکیک شده و از علوم روز در کنار آیات و روایات استفاده شده است. در پاسخ به شبهات مربوط به علوم طبیعی، تحصیل علوم میان رشته ای از ضروریات است که بایستی در رشته های تخصصی به آن پرداخته شود.